Microbiote et dépression : quand une bactérie intestinale influence nos hormones

Cet article est un décryptage de l'étude suivante

Cassandra E. Gheorghe, John F. Cryan, Gerard Clarke,
Debugging the gut-brain axis in depression,
Cell Host & Microbe,
Volume 30, Issue 3,
2022,
Pages 281-283,
ISSN 1931-3128,
https://doi.org/10.1016/j.chom.2022.02.007.

Introduction : quand l’intestin dialogue avec le cerveau

Depuis plusieurs années, les chercheurs explorent une idée fascinante : nos intestins ne servent pas seulement à digérer les aliments, mais ils participent aussi à la régulation de notre cerveau et de nos émotions. Cette communication permanente, qu’on appelle l’axe intestin-cerveau, est au cœur d’un grand nombre d’études en neurosciences et en santé mentale.

Parmi les troubles concernés, la dépression occupe une place particulière. Complexe et multifactorielle, elle touche des millions de personnes à travers le monde. Les causes classiques incluent la génétique, le stress, les déséquilibres de certains neurotransmetteurs comme la sérotonine. Mais une nouvelle piste attire désormais l’attention : le rôle de certaines bactéries intestinales.

Dans une étude récente, une équipe de chercheurs a montré qu’une bactérie spécifique de notre microbiote pouvait dégrader la testostérone, une hormone dont l’influence sur l’humeur est de mieux en mieux documentée. Ce travail ouvre une fenêtre inédite sur les mécanismes biologiques qui pourraient relier flore intestinale et dépression.

L’axe intestin-cerveau : une autoroute de signaux

Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes vivant dans nos intestins : bactéries, virus, champignons etc. On estime qu’ils sont plusieurs dizaines de milliers de milliards, un chiffre qui dépasse celui de nos propres cellules. Loin d’être de simples "passagers", ces micro-organismes jouent un rôle actif dans la digestion, l’immunité et même la production de molécules messagères.

L’axe intestin-cerveau est la voie de communication qui relie ce monde microscopique à notre système nerveux. Les échanges se font de plusieurs manières :

• par les nerfs, notamment le nerf vague, qui transmet en temps réel des signaux de l’intestin au cerveau ;
• par les hormones et neuromédiateurs (comme la sérotonine ou le GABA) produits en partie par les bactéries elles-mêmes ;
• par le système immunitaire, modulé par les interactions constantes avec le microbiote.

Cette interaction est si riche que certains chercheurs parlent du microbiote comme d’un « organe endocrinien oublié » : un acteur capable de produire et de transformer des substances qui influencent nos fonctions biologiques et psychiques.

Dépression et hormones : le rôle clé de la testostérone

La dépression est une maladie hétérogène. Elle peut se manifester par une perte d’intérêt, une grande fatigue, des troubles du sommeil, une baisse de concentration ou encore un sentiment de désespoir. Ses causes sont multiples, mais depuis longtemps, les scientifiques cherchent à comprendre le rôle des hormones dans son apparition.

La testostérone, souvent associée aux caractéristiques masculines, intervient en réalité dans de nombreux processus : régulation de la libido, énergie, mais aussi équilibre émotionnel. Plusieurs études cliniques ont montré que des hommes présentant une carence en testostérone avaient plus de risques de souffrir de dépression.

Cette hormone peut être produite directement dans le cerveau ou circuler depuis la périphérie (les testicules chez l’homme, les ovaires et les glandes surrénales chez la femme). Elle est capable de traverser la barrière hémato-encéphalique, cette membrane qui protège le cerveau, pour y exercer ses effets.

Ainsi, une question se pose : si certains individus présentent un déficit en testostérone, pourrait-il être lié à leur microbiote intestinal ?

L’étude : un microbe qui dégrade la testostérone

Pour explorer cette idée, l’équipe de chercheurs a mené une expérience innovante : transférer le microbiote intestinal de patients dépressifs vers des animaux de laboratoire. Ce type de démarche, appelée transplantation fécale, permet de tester l’influence directe du microbiote d’une personne sur la santé d’un autre organisme.

Résultat : les animaux ayant reçu le microbiote de patients présentant de faibles taux de testostérone ont montré non seulement une baisse de cette hormone dans leur sang et leur cerveau, mais aussi des comportements similaires à ceux observés dans la dépression (perte d’intérêt, diminution de l’activité exploratoire).

Les chercheurs sont alors allés plus loin : en analysant les échantillons, ils ont identifié une bactérie particulière, Mycobacterium neoaurum, qui possédait une enzyme capable de dégrader la testostérone. Cette enzyme, appelée 3β-HSD (3β-hydroxystéroïde déshydrogénase), était le chaînon manquant expliquant la diminution hormonale.

Quand la biologie se confirme : preuves expérimentales

Pour vérifier que cette découverte n’était pas due au hasard, les chercheurs ont multiplié les expériences.

• En isolant Mycobacterium neoaurum et en l’introduisant chez des animaux sains, ils ont observé une chute de la testostérone et l’apparition de comportements de type dépressif.
• En parallèle, ils ont créé une bactérie modifiée (Escherichia coli), à laquelle ils ont ajouté le gène de l’enzyme 3β-HSD. Là encore, l’introduction de cette bactérie transformée a conduit aux mêmes effets.

Ces résultats forment un enchaînement logique : la présence d’une enzyme bactérienne suffit à perturber le métabolisme de la testostérone et à induire des symptômes dépressifs.

Comme le résument les auteurs : « Cette étude illustre l’importance de passer de la simple description des bactéries présentes dans le microbiote à la compréhension de leurs fonctions actives. »

Ce que cela change dans notre vision de la dépression

Cette découverte apporte une pièce supplémentaire au puzzle complexe de la dépression. Elle suggère que, pour certains patients, le déséquilibre hormonal pourrait provenir non pas uniquement de leur organisme, mais aussi de leur microbiote.

On savait déjà que certaines bactéries produisent des neurotransmetteurs (comme la sérotonine ou la dopamine). On découvre désormais qu’elles peuvent aussi dégrader des hormones essentielles, comme la testostérone.

Autrement dit, le microbiote intestinal se comporte bel et bien comme un acteur endocrinien : il fabrique, transforme ou détruit des messagers chimiques qui circulent dans tout le corps, jusqu’au cerveau.

Cette approche remet en question une vision trop simplifiée de la dépression. Elle montre que ce trouble n’est pas uniquement "dans la tête", mais résulte d’interactions complexes entre l’esprit, le cerveau, les hormones et même les bactéries de notre intestin.

Les limites de l’étude

Toutefois, il est essentiel de rappeler que cette recherche présente des limites.

• Les résultats proviennent en grande partie d’expériences animales : il reste à démontrer leur validité à grande échelle chez l’être humain.
• Le microbiote varie énormément d’un individu à l’autre : ce qui est observé chez un patient ne sera pas forcément généralisable.
• Dans cette étude, un seul donneur a servi par groupe expérimental pour la transplantation fécale, ce qui limite la robustesse des conclusions.
• Enfin, on ne sait pas si les patients à l’origine des échantillons prenaient déjà des médicaments (comme des antidépresseurs), lesquels peuvent eux-mêmes influencer le microbiote.

En science, une découverte est toujours une étape. Il faudra donc multiplier les recherches avant d’envisager des applications cliniques concrètes.

Perspectives et questions ouvertes

Cette étude ouvre de nombreuses pistes.

D’abord, elle met en évidence un sous-groupe spécifique de patients : ceux dont la dépression est associée à de faibles taux de testostérone. On sait que dans la pratique médicale, la testostérone n’est pas utilisée comme traitement standard de la dépression, sauf en cas de déficit avéré. Identifier les personnes chez qui le microbiote joue un rôle dans cette carence pourrait conduire à une médecine plus personnalisée.

Ensuite, se pose la question des femmes. La dépression touche proportionnellement plus de femmes que d’hommes. Or, il est important de rappeler que les femmes produisent elles aussi de la testostérone, bien que dans des quantités plus faibles. Le rôle de cette hormone dans leur santé mentale reste à préciser, mais il pourrait être modulé par le microbiote de manière similaire.

Enfin, cette découverte pourrait inspirer de nouvelles approches thérapeutiques. Les chercheurs travaillent déjà sur des outils de "réécriture du microbiote", capables de cibler ou d’éliminer certaines bactéries spécifiques. Si une bactérie comme Mycobacterium neoaurum contribue effectivement à la dépression, la contrôler pourrait devenir une stratégie à explorer.

Conclusion : une pièce supplémentaire du puzzle

La dépression reste l’une des grandes énigmes médicales de notre temps. Elle ne peut être réduite à un simple déséquilibre chimique dans le cerveau : elle résulte d’un entrelacement complexe entre gènes, environnement, hormones et microbiote.

L’étude de l’équipe de chercheurs montre que certaines bactéries intestinales peuvent diminuer la testostérone et influencer l’humeur, soulignant une fois de plus le rôle central de l’axe intestin-cerveau.

Ce travail ne débouche pas encore sur des traitements, mais il offre une perspective précieuse : comprendre les sous-types de dépression et développer des approches plus ciblées, où l’intestin aurait toute sa place dans la prise en charge de la santé mentale.

Comme souvent en science, il s’agit moins d’une réponse définitive que d’une nouvelle question : et si, pour mieux soigner notre esprit, nous devions aussi prendre soin de notre microbiote ?