Le microbiote vaginal : comprendre l’essentiel pour aller au-delà du traitement des symptômes

Notre corps abrite des milliards de micro-organismes invisibles, véritables alliés ou parfois sources de déséquilibre, comme le démontre le microbiote vaginal. Mieux comprendre ce monde discret, c’est ouvrir la voie à une approche plus globale et intelligente de la santé féminine - loin du réflexe fréquent de ne traiter que les symptômes.

Cet article se réfère à l'étude suivante :

 Mart Sillen, Sarah Lebeer, Patrick Van Dijck. Through thick and thin: The vaginal microbiome as both occupant and healer. 2025. DOI: 10.1371/journal.ppat.1013346

Through thick and thin: The vaginal microbiome as both occupant and healer

PLOS PathogensMart Sillen,

Introduction : Un écosystème méconnu mais essentiel

Quand on parle de santé intime féminine, on pense souvent aux infections, aux gênes, aux traitements. Pourtant, derrière ces désagréments et solutions immédiates, se cache un univers invisible d’une importance capitale : le microbiote vaginal (ou VMB pour « vaginal microbiome » en anglais).

Ce « petit » microbiote - moins de 10 % du microbiome humain total - exerce un impact immense sur la santé gynécologique : protection contre les infections sexuellement transmissibles (IST), rôle dans l’immunité locale, prévention des accouchements prématurés et bien plus. Mais très souvent, on oublie d’aller chercher sous la surface : on traite ce qui se voit, les symptômes, alors que la clé se trouve souvent dans ce délicat équilibre microbien.

Le microbiote vaginal : une diversité fascinante

Le microbiote vaginal, c’est une communauté complexe, où cohabitent principalement des bactéries - surtout du genre Lactobacillus - mais aussi des champignons (comme Candida), des virus, des archées et des protozoaires.

Les archées sont des micro-organismes unicellulaires procaryotes, anciens, appartenant à un des trois grands domaines du vivant, distinct des bactéries 

Sa composition évolue naturellement tout au long de la vie d’une femme, façonnée par les hormones, la génétique, la santé, les modes de vie et même la géographie !

« Un microbiote équilibré, riche en Lactobacillus, protège mieux contre les infections et favorise la santé reproductive. Mais il existe une immense variation d’une femme à l’autre, et même chez une même femme selon les périodes de sa vie. »

Grâce à la recherche, on sait aujourd’hui classifier ces équilibres microbiens en « Community State Types » (CST : types d’états communautaires), chaque type lié à des profils précis de bactéries et à des niveaux de risque variables pour la santé.

Pourquoi cet équilibre est-il si fragile ?

L’équilibre du microbiote vaginal est finement régulé, mais peut facilement être perturbé : hormones (cycle, grossesse, ménopause), hygiène, sexualité, médicaments, stress, alimentation, environnement... La diversité des causes explique en partie la fréquence des troubles gynécologiques.

Cette fragilité explique pourquoi des symptômes similaires peuvent avoir des origines radicalement différentes, rendant indispensables à la fois un diagnostic précis et une prise en charge globale.

Quand l’équilibre se brise : comprendre la dysbiose

La dysbiose, c’est la perte d’équilibre du microbiote. Concrètement, cela signifie :

• Diminution des Lactobacillus
• Prolifération d’autres bactéries (ex : Gardnerella, Prevotella) ou de champignons (Candida)

Les conséquences sont connues : vaginose bactérienne, candidose, trichomonase... Mais aussi : irritations chroniques, sécheresses, inflammations, récidives à répétition, voire complications pendant la grossesse.

Et - fait essentiel - ce ne sont pas toujours les microbes les seuls responsables des symptômes :
Notre système immunitaire réagit, parfois de façon disproportionnée (inflammation, douleurs...), aggravant la gêne sans éliminer l’agent causal.

Un traitement des seuls symptômes : un réflexe inefficace (voire dangereux)

Face à une mycose, une vaginose, une inflammation : on soigne souvent en urgence, avec des antibiotiques ou antifongiques.

Les traitements ciblés sont utiles en phase aiguë. Mais sans compréhension ni prise en charge du microbiote, le soulagement n’est que temporaire - et les récidives fréquentes.

L’antibiotique détruit la surinfection, mais il altère aussi l’écosystème protecteur. Résultat : le « terrain » se fragilise, ouvrant la voie à de nouveaux déséquilibres.

De même, traiter seulement les manifestations extérieures (démangeaisons, pertes, douleurs) sans investiguer la composition du microbiote, c’est ignorer le rôle fondamental des micro-organismes dans une santé durable.

Prendre en compte les racines du déséquilibre

L’article scientifique souligne l’importance des facteurs sous-jacents :

• Polymorphismes génétiques (chacun ne réagit pas pareil)
• Fluctuations hormonales
• Utilisation de contraceptifs, habitudes d’hygiène intime
• Stress, alimentation

Autant de déclencheurs (parfois silencieux) de déséquilibre microbien.

Comprendre ce qui affaiblit ou enrichit son propre microbiote, c’est donc agir AVANT même que le symptôme n’apparaisse, ou en complément du traitement urgent.

Les probiotiques : pas une baguette magique, mais une vraie piste d’avenir

Parmi les solutions d’avenir, les probiotiques spécifiques tiennent une place à part. Ce sont des micro-organismes (essentiellement bactéries, parfois levures comme Saccharomyces cerevisiae) capables de réinstaller un équilibre écologique positif dans le vagin.

Des essais cliniques montrent que certaines souches améliorent la résilience du microbiote et diminuent le risque de récidive, en favorisant la dominance des lactobacilles protecteurs et en limitant la population des pathogènes.

Mais attention :

• Tous les probiotiques ne se valent pas (il faut des souches adaptées, stables, capables de s'implanter dans le milieu vaginal)
• Leur efficacité dépend du contexte (cycle, état hormonal, flore de départ)
• Un accompagnement personnalisé s’impose

Le vrai progrès consistera à personnaliser ces prescriptions avec des analyses du microbiote et une prise en compte de tous les paramètres individuels (santé, comportements, hygiène...).

Quelques conseils pratiques inspirés par la recherche

• Évitez les traitements automatiques prolongés sans dépistage ni identification du déséquilibre sous-jacent
• Discutez avec votre professionnel de santé : évoquez vos habitudes, vos cycles, vos éventuels facteurs de risque. Un « diagnostic écologique » est souvent aussi utile qu’un examen clinique.
• Renseignez-vous sur un bilan de votre microbiote vaginal si vos troubles sont chroniques ou récidivants
• Privilégiez une hygiène douce (pas de douches vaginales intempestives, éviter les savons agressifs)
• Demandez conseil avant d’utiliser des probiotiques : toutes les gélules en pharmacie ne sont pas équivalentes, l’avis d’un spécialiste et un choix adapté à votre cas sont clés
• Gardez une approche globale : votre microbiote vaginal fait partie d’un tout, influencé par votre mode de vie, votre alimentation, votre santé générale

Conclusion : voir la santé intime autrement

La grande leçon de cet article scientifique, c’est d’aller au-delà du réflexe « je traite le symptôme ».
Les maux gynécologiques sont souvent le reflet d’un écosystème local perturbé. Prendre en compte le microbiote, c’est remettre la prévention, l’écoute de son corps et la personnalisation au cœur de la démarche.

Au lieu de subir une succession de traitements, pensez :

Et si mon problème était avant tout celui de mon microbiote ?

Une prise en charge globale, éclairée et individualisée, est la clé d’une santé intime épanouie et durable.